SOFTWARE

Un software se remonta 20 generaciones para buscar a nuestros ancestros

Es muy preciso y es capaz de distinguir entre diferentes grupos de población
Informáticos de la Universidad de Stanford han creado un software que puede deducir nuestros ancestros con una increíble precisión. Se llama HAPAA y tiene la capacidad para retroceder 20 generaciones hasta dar con el acervo genético que nos corresponde. La gran aportación de este desarrollo es que sus creadores idearon un algoritmo con la eficiencia suficiente como para comparar la información genética de un individuo con la información genética de un conjunto de individuos incluidos en la base de datos creada al amparo del proyecto HapMap.

FUENTE: TENDENCIAS CIENTIFICAS


Un nuevo software de análisis genómico desarrollado por informáticos de Stanford es capaz de deducir nuestros ancestros con mucha precisión. A diferencia de otros métodos, tiene la capacidad de desenmarañar el complicado pasado de cualquier individuo. Un artículo publicado en la revista Genome Research describe el funcionamiento del sistema HAPAA, como ha sido bautizado. “Hapa” es la palabra que los hawaianos usan para nombrar a alguien que ha perdido sus ancestros.

Retrocediendo 20 generaciones, el software identifica de qué región o continente eran los ancestros de alguien. Si retrocede sólo 10 generaciones, puede ser todavía más certero, siendo capaz de hacer distinciones tan precisas como el acervo genético de grupos de poblaciones muy cercanas (hipotéticamente, puede diferenciar los griegos de los italianos o los rusos de los alemanes)

Lo que hace el software es comparar un individuo con todos aquellos que recoge la base de datos HapMap, al que ya nos referimos en otro artículo, para ver qué pedazos genéticos tienen en común. El proyecto que HapMap está desarrollando un mapa de haplotipos (constitución genética de un cromosoma individual) del genoma humano

“Con una gran precisión, incluso si retrocede 20 generaciones, podemos trazar las poblaciones de todos esos individuos que están, de hecho, presentes en nuestro genoma”, comenta Serafim Batzoglou, que es profesor asistente de informática en Stanford y que ha liderado un grupo de estudiantes para crear HAPAA, en un comunicado de la propia universidad.

Dado que la base de datos HapMap sólo es un archivo genético de los ancestros de 270 individuos de Europa Occidental, oeste de África y este de Asia, por el momento el software únicamente puede generar un perfil étnico según estas poblaciones.

Pocos errores

El artículo de Genome Rearch describe cómo los investigadores probaron la precisión del sistema usando ejemplos con individuos reales y simulando la unión durante 20 generaciones entre individuos recogidos en la base de datos.

El equipo también ha comparado el estado del arte de un sistema parecido llamado SABER. Batzoglou y sus estudiantes llegaron a la conclusión de que su software cometía entre un tercio y la mitad de los errores que cometía SABER, incluso retrocediendo 15 ó 20 generaciones.

Un importante avance que ha permitido la mejora de HAPAA es la inclusión de un modelo de variación individual más preciso. Los informáticos de Stanford crearon un algoritmo lo suficientemente eficiente como para comparar la información genética de un individuo con la información genética de cada individuo incluido en la base de datos HapMap.

Otros sistemas, como el propio SABER, se basan en la comparación de un conjunto que representa el promedio de los datos respecto a muchos individuos. Esta metodología es mucho más sencilla de programar y de ejecutar en un ordenador, sin embargo el gran problema de hacer promedios es que se pierde mucha información en el proceso.

Promedios

Para entenderlo, pensemos por ejemplo en cómo se puede conocer el rendimiento de un jugador de fútbol. Es posible recoger todos los goles que ha metido y compararlos con el promedio de la liga. De esta manera, sabremos cómo ha estado respecto a la media, pero no sabremos nada respecto a patrones más específicos, como cuántos penaltis metió.

Por el momento, el software HAPAA proporciona una prueba de este concepto, pero limitada, dado al pequeño tamaño que hasta el momento tiene la base de datos HapMap. En el futuro, el software se beneficiará no sólo de tener más individuos para comparar, sino también datos más detallados de cada individuo.

Esta investigación de Stanford se enmarca en el trabajo que otros grupos de informáticos ya han iniciado. A finales del año pasado, informáticos, matemáticos y biólogos del Rensselaer Polytechnic Institute anunciaron el desarrollo de un algoritmo informático que también permite rastrear la ascendencia genética de miles de individuos en tan sólo minutos y sin un conocimiento previo de su origen.

A diferencia de programas informáticos similares, que sí requerían un cierto conocimiento previo sobre la ascendencia y procedencia del individuo en cuestión, este algoritmo buscaba unos marcadores específicos en el ADN llamados polimorfismos de un único nucleótido y sólo requiere una simple muestra de ADN. Los investigadores emplearon datos genéticos provenientes de estudios anteriores para realizar su investigación y confirmar los resultados. Entre los datos empleados, figuran los provenientes de la base de datos HapMap.


Una iniciativa tecnológica permitirá democratizar completamente Internet
Jooce ofrece gratis a cibernautas nómadas un ordenador virtual, seguro y sin límite de memoria


La brecha digital entre los países desarrollados y los que están en vías de desarrollo podría reducirse gracias a iniciativas como la de Jooce, una plataforma que permite tener un ordenador en Internet, es decir, sin comprarnos la computadora. Con una capacidad infinita de albergar información y una seguridad “mayor que la del disco duro”, según sus creadores, Jooce permite que los usuarios guarden lo que deseen en la Red, para disponer de sus archivos desde cualquier ordenador con el que se conecten a Internet. En tan sólo tres meses de prueba, ya se han apuntado a la plataforma 20.000 usuarios. La democratización de la Red podría estar más cerca.

FUENTE: TENDENCIAS CIENTIFICAS


En los países desarrollados, las telecomunicaciones se han generalizado hasta tal punto que ya no podemos concebir nuestras vidas sin ellas. Sin embargo, Internet no ha llegado aún de igual manera a todo el planeta, a pesar de su vocación global. Mientras en los países desarrollados estamos acostumbrados a consultar la Red desde nuestro ordenador personal, lo cierto es que en todo el mundo 500 millones de personas deben acceder a ella desde un ciber-café. Esto supone que no pueden contar con un espacio propio en línea, donde estén situados todos sus archivos y que al mismo tiempo funcione como una “computadora virtual” utilizable desde cualquier ordenador.

http://www.jooce.com/


Para cambiar esta situación ha surgido una iniciativa bautizada con el nombre de Jooce, que permite la omnipresencia de la información personal con tan solo acceder a Internet desde cualquier lugar y a cualquier hora. Tal y como explican sus creadores: “la filosofía de la plataforma de Jooce es que todo aquel que no cuente con su propio ordenador personal pueda tener acceso a una vida productiva e interesante”.

La revista Business Week ha enfatizado esta posibilidad ofertada por Jooce, y en un artículo sobre la iniciativa lanza la siguiente pregunta: ¿por qué, en lugar de un “ordenador por niño” (como propone el proyecto OLPC), no generalizar los ordenadores virtuales en los PCs públicos?

En qué consiste

Jooce es una herramienta que permite a los usuarios almacenar en la Red, y de manera segura, documentos, fotos, vídeos o archivos de audio. Es como un “escritorio online”, o una especie de ordenador virtual, en el que la información personal queda registrada sin necesidad de que exista un disco duro.

Este escritorio en línea es de fácil utilización, y además permite tener un espacio personalizado abierto al público, y trabajar o jugar en Red con nuestros propios archivos, explican sus creadores.

La BBC explica que Jooce es, según Bryce Corbett (uno de sus inventores), un medio privado y seguro. Todo lo que en Jooce se guarda permanece archivado en una base de datos central. Corbett señala que el sistema es incluso más seguro que el disco duro de cualquier ordenador personal.

Sus usuarios pueden acceder a su propia información desde cualquier conexión a Internet, donde quiera que se encuentren en el mundo. Así, Jooce alcanza su objetivo principal: democratizar el acceso a la información.

Tareas del sistema

El servicio es ofertado de manera gratuita (para ser autosuficiente se mantendrá con publicidad) y el espacio de almacenamiento de información es ilimitado. Dicha información estará siempre disponible en la Red para el usuario que la haya introducido, señalan los creadores del sistema.
En la BBC también se explica que el equipo de Jooce colabora con organismos no gubernamentales que tratan de hacer llegar a la población ordenadores personales a precios accesibles. Así, se intenta conseguir un efecto multiplicador: si por cada ordenador conseguido hay 10 usuarios de Jooce, los beneficios se multiplican.

Jooce permite compartir instantáneamente los archivos de manera sencilla, reproducir (vídeos, música, juegos), comunicarse (a través del correo electrónico, el chat y la red de contactos), organizar (gracias al almacenamiento online de todos los archivos y contactos, de la misma manera que hacemos en un ordenador corriente); favorece la movilidad (puede utilizarse desde cualquier sitio) y, por último, permite personalizar la apariencia de cada escritorio y la imagen de presentación del usuario, que será la que se vea en Red.

Para todo ello, la plataforma cuenta con un servicio de correo electrónico, con diferentes servicios de chat y con un reproductor multimedia para música y video, compatible con todas las plataformas principales. Asimismo, se encuentra disponible en 19 idiomas (inglés, español, francés, portugués, hindú, chino, coreano, japonés, turco, etc.). El idioma de Jooce se sincroniza automáticamente con el idioma desordenador desde el que se hace la conexión a la Red.

Antecedentes

La idea original de Jooce es de tres jóvenes empresarios que se conocieron mientras trabajaban en París en las oficinas de la Cámara de Comercio Internacional. El norteamericano de 33 años Stefan Surzycki, que comenzó a programar ordenadores con sólo siete años, el australiano Bryce Corbett y el macedonio Aleks Stojanoski reunieron sus mentes para concebir un programa que redujera la denominada “brecha digital”, publica Bussiness Week.

Según declaraciones de Corbett a El Universal de México, el mercado al que va enfocado el producto es el de todas aquellas personas que usan Internet cada día, pero que no disponen de un ordenador para mantener sus redes sociales o almacenar su información. El perfil de los usuarios de Jooce sería el de la gente que gusta de visitar los ciber-cafés, pero no quieren dejar rastro de las actividades que realizan.

El desarrollo del proyecto, que ha necesitado de cinco años de trabajo, culminó con su puesta en marcha hace tres meses. Hoy día cuenta ya con 20 mil usuarios, es decir, que ha tenido una aceptación bastante rápida, añadió Corbett.

Jooce está siendo apoyado actualmente por empresas europeas y firmas que suministran el capital necesario, como Mangrove Capital Partners (primera inversora de Skype). Cuenta también con el apoyo de la telefonía por Internet y del servicio Web 2.0. El formato de Jooce está diseñado en flash.